Oddělení biochemie proteinů a proteomiky UP

Stěžejní náplní pracoviště je hmotnostní spektrometrie v analýze proteinů. Pracovníci odělení mají k dispozici instrumentální vybavení pro separaci proteinů a peptidů doplněné hmotnostními spektrometry s ionizací MALDI a ESI. Vědci využívají běžných metod pro přípravu a přečištění vzorků, provádějí rutinní identifikaci proteinů (peptidové mapování a peptidové sekvencování), relativní a absolutní kvantifikaci a analýzu posttranslačních modifikací (glykosylace, fosforylace). Záběr je přitom široký: od analýzy jednoho vybraného proteinu po mapování proteomů. Hmotnostní spektrometrie intaktních buněk a spor slouží k identifikaci mikroorganismů. Na oddělení se studují také enzymy, zejména rostlinného a mikrobiálního původu, např. dehydrogenasy, oxidasy a proteasy. Tyto enzymy se získávají izolací z jejich přirozených zdrojů (tkáně, buňky) nebo rekombinantní expresí příslušných genů v hostitelských mikroorganismech. Jejich studium zahrnuje popsání molekulových vlastností, určení typických substrátů a inhibitorů, případně krystalizaci a strukturní analýzu. Hledá se rovněž praktické využití enzymů v potravinářské analýze, a to konstrukcí biosenzorů či imobilizací enzymů na pevné nosiče. Jedním z výzkumných směrů je i zkoumání metabolických drah pro biosyntézu a biodegradaci určitých metabolitů (např. rostlinných hormonů).

proteomika.cr-hana.upol.cz

prof. Mgr. Marek Šebela, Dr.

Vedoucí oddělení, vedoucí výzkumný pracovník, člen Vědecké rady CRH, Přírodovědecká fakulta Univerzity Palackého
+420 585 634 927, +420 585 634 922, marek.sebela@upol.cz

Absolvoval biochemii na Přírodovědecké fakultě Masarykovy univerzity v Brně, kde také později ukončil doktorské studium ve stejném oboru. Přešel na Univerzitu Palackého v Olomouci, kde zastával výzkumné a akademické pozice. V roce 2007 se stal řádným profesorem biochemie na Univerzitě Palackého (jmenovací řízení proběhlo na Masarykově univerzitě v Brně). V letech 2006-2012 vykonával funkci vedoucího Katedry biochemie Přírodovědecké fakulty Univerzity. Mezitím absolvoval několik krátkodobých výzkumných stáží v zahraničí (Německo, Dánsko, Francie, Japonsko). V období 2014-2018 byl zastupujícím ředitelem Centra regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum, kde od roku 2010 vede Oddělení biochemie proteinů. Obecně se zaměřuje na chemii a biochemii proteinů. Jeho výzkumný zájem spočívá především v redoxních a proteolytických enzymech, modifikacích proteinů (zejména glykosylaci) a MALDI hmotnostní spektrometrii v proteomice. Kromě svého výzkumu, výukových a vzdělávacích aktivit je aktivním členem tří vědeckých společností a podílí se na organizování mezinárodních vědeckých konferencí, jako jsou Informal Meeting on Mass Spectrometry nebo FEBS Congress. Získal dvě národní vědecká ocenění. Je členem redakční rady časopisu Journal of Proteomics.

Vzdělání:

  • 1994 – ukončení studia oboru Biochemie na PřF MU v Brně
  • 1997 – ukončení doktorského studia oboru Biochemie na PřF MU v Brně
  • 2002 – habilitace v oboru Biochemie, PřF MU v Brně
  • 2007 – profesor pro obor Biochemie – Masarykova univerzita v Brně

Zaměstnání:

  • 1994 – 1996 – asistent na PřF UP v Olomouci
  • 1996 – 2002 – odborný asistent na PřF UP v Olomouci
  • 2002 – 2007 – docent na PřF UP v Olomouci
  • 2006 – 2012 – vedoucí Katedry biochemie PřF UP v Olomouci
  • 2007 – dosud – profesor biochemie na PřF UP v Olomouci
  • 2010 – dosud – vedoucí Oddělení biochemie proteinů a proteomiky, Centrum regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum, PřF UP v Olomouci
  • 2014 – 2018 – zastupující ředitel, Centrum regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum, PřF UP v Olomouci

Vědecké zaměření:

  • enzymologie, zaměření na enzymy z oblasti metabolismu polyaminů
  • biochemie proteinů a proteomika, zaměření na proteolytické enzymy a glykoproteiny
  • publikoval > 130 odborných prací (150 záznamů na WoS; 1800 citací, h-index 21), > 200 prezentací na konferencích
  • Cena pro mladé vědecké pracovníky do 35 let, vyhlásila Učená společnost České republiky (2005)
  • Cena Vladimíra Hanuše a Petra Sedmery za práci v oblasti molekulární struktury látek, kategorie hmotnostní spektrometrie, vyhlásila Spektroskopická společnost Jana Marka Marci (2010)

Praxe v zahraničí:

  • 1995 (1 m): Univerzita v Bayreuthu, Německo; doktorandská stáž
  • 1996 (2 m): Univerzita v Bayreuthu, Německo; doktorandská stáž
  • 1997 (1 m): Laboratoř Carlsberg, Dánsko; doktorandská stáž
  • 2000 (1 m): univerzity v Jamaguči a Ósace, Japonsko; výzkumná stáž
  • 2002 – 2006 (celkem 3 m): Ústav Maxe Plancka pro molekulární a buněčnou biologii a genetiku, Německo; výzkumné stáže v rámci společného výzkumného projektu
  • 2006 (1 m): AgroParisTech, Francie; vědecká dovolená („sabbatical leave“)
  • řada kratších stáží (týden – 14 dní): Bayreuth, Cagliari, Eger, Lyngby, Řím, Vídeň, Arlington/Texas
  • zkušenosti s výukou v rámci učitelských pobytů Erasmus – Lyngby, Grignon a Versailles

Členství:

  • Česká společnost pro biochemii a molekulární biologii (ČSBMB), člen výboru společnosti
  • Proteomická sekce při ČSBMB, člen výboru sekce
  • Česká společnost pro strukturní biologii (ČSSB), člen výboru společnosti
  • Česká společnost pro hmotnostní spektrometrii, člen
  • European Proteomics Association, zástupce národní společnosti ve výboru
  • člen redakční rady časopisu Journal of Proteomics
  • člen Výboru konferencí Central and Eastern European Proteomics Conference

Granty a projekty:

  • řešitel (8) nebo podíl na řešení (25) u vědeckých projektů domácích (MŠMT, GAČR)  nebo zahraničních (BMBF/Německo, OeAD/Rakousko, JSPS/Japonsko)
  • řešitel (1) nebo podíl na řešení (14) u domácích vzdělávacích projektů (MŠMT)