Biochemie proteinů a proteomiky UP

Stěžejní náplní pracoviště je hmotnostní spektrometrie v analýze proteinů. Pracovníci skupiny mají k dispozici instrumentální vybavení pro separaci proteinů a peptidů doplněné hmotnostními spektrometry s ionizací MALDI a ESI. Vědci využívají běžných metod pro přípravu a přečištění vzorků, provádějí rutinní identifikaci proteinů (peptidové mapování a peptidové sekvencování), relativní a absolutní kvantifikaci a analýzu posttranslačních modifikací (glykosylace, fosforylace). Záběr je přitom široký: od analýzy jednoho vybraného proteinu po mapování proteomů. Hmotnostní spektrometrie intaktních buněk a spor slouží k identifikaci mikroorganismů. Výzkumníci studují také enzymy, zejména rostlinného a mikrobiálního původu, např. dehydrogenasy, oxidasy a proteasy. Tyto enzymy se získávají izolací z jejich přirozených zdrojů (tkáně, buňky) nebo rekombinantní expresí příslušných genů v hostitelských mikroorganismech. Jejich studium zahrnuje popsání molekulových vlastností, určení typických substrátů a inhibitorů, případně krystalizaci a strukturní analýzu. Hledá se rovněž praktické využití enzymů v potravinářské analýze, a to konstrukcí biosenzorů či imobilizací enzymů na pevné nosiče. Jedním z výzkumných směrů je i zkoumání metabolických drah pro biosyntézu a biodegradaci určitých metabolitů (např. rostlinných hormonů).