Fenotypizace

Cílem výzkumné skupiny Fenotypizace  je vývoj a aplikace metod automatizované, neinvazivní fenotypizace pro monitoring environmentálních interakcí rostlin v kontrolovaných a polních podmínkách a implementace inovativních hardware a software nástrojů vedoucích ke zvýšení efektivity selekce nových zemědělských a biotechnologických technologií. Fenotypická plasticita modelových i hospodářsky významných rostlin je studována jednak pomocí indoor fenotypizační platformy vybavené senzory pro RGB, fluorescenční, multispektrální a termální snímkování v kontrolovaných podmínkách umožňujících simulaci širokého spektra stresových faktorů a také v polních podmínkách s využitím bezpilotních strojů (UAV). Využíváme pokročilých postupů obrazové analýzy a zpracování velkých dat multivariantními statistickými metodami a zabýváme se implementací metod strojového učení. Zájem naší skupiny je dále soustředěn na využití velkokapacitních screeningových biotestů pro vyhledávání nových molekul a biostimulantů s prakticky uplatnitelnou biologickou aktivitou v podobě komercializovatelných agrochemikálií a přípravků a studium jejich mechanismu účinku.

Mgr. Lukáš Spíchal, Ph.D.

Vedoucí skupiny

+420 585 634 855, lukas.spichal@upol.cz

 

Lukáš Spíchal působí od roku 2010 jako senior reseacher v Centru regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum, od roku 2021 zde v rámci Českého institutu výzkumu a pokročilých technologií (CATRIN) vede výzkumnou skupinu Fenotypizace UP. Byl vedoucím skupiny v Laboratoři růstových regulátorů, PřF UP Olomouc a ÚEB AVČR (2005-2019). Působil také jako člen Rady Ústavu experimentální botaniky AVČR (2012-2016). V roce 2012 oceněn „The best R&D team competition“ na mezinárodním Bioforu 2012, Brno.

Jeho výzkumné zaměření zahrnuje chemickou biologii rostlinných hormonů, vývoj agrochemikálií a technologií pro regulaci růstu rostlin, high-throughput biotestování a automatizovanou fenotypizaci rostlin (WoS: 77 publikací, > 1900 citací, h-index 25, > 30 udělených patentů). Přednášková činnost v předmětech Obecná biologie a oborových seminářích na PřF UP.

Lukáš Spíchal byl dosud hlavním řešitelem a spoluřešitelem 4 národních grantů základního a aplikovaného výzkumu (GAČR a TAČR, > 50 mil. Kč). V současné době je vedoucím výzkumných programů v rámci projektů OP VVV Excelentní výzkum a ITI. V roce 2017 založil iniciativu Czech Plant Phentyping network (CzPPN), je jejím koordinátorem a českým zástupcem v Support Group ESFRI projektu EMPHASIS. Je členem technické komise CEN/TC 455 „Plant Biostimulants“ při European Standardization Committee (CEN).

Od roku 2011 se věnuje rozvoji společnosti AgroBioChem, s.r.o., spin-offem spolupracujícím s Univerzitou Palackého v Olomouci, zabývající se výzkumem a vývojem nových technologií a přípravků pro ovlivnění růstu a vývoje rostlin.

ORCID: 0000-0001-6483-8628

Zaměstnanci

doc. RNDr. Jitka FRÉBORTOVÁ, Ph.D.

Senior Researcher
+420 585 634 871, jitka.frebortova@upol.cz

Mgr. Pavel MAZURA, Ph.D.

Senior researcher
+420 585 634 899, pavel.mazura@upol.cz

Ing. Nuria De DIEGO, Ph.D.

Junior Researcher
+420 585 634 830, nuria.de@upol.cz

Mgr. Pavel KLIMEŠ, Ph.D.

Junior researcher
+420 585 634 899, pavel.klimes@upol.cz 

Mgr. Jaroslav NISLER, Ph.D.

Vědecký pracovník
+420 585 634 784, jaroslav.nisler@upol.cz

Alba Esteban HERNANDIZ, MSc.

Ph.D. student
+420 585 634 852, alba.estebanhernandiz@upol.cz

Mgr. Jana NOSKOVÁ       

Vědecký pracovník
+420 585 634 899, jana.noskova@upol.cz

Mgr. Zuzana PĚKNÁ         

Vědecký pracovník
+420 585 634 899, zuzana.pekna@upol.cz

Sara Salcedo SARMIENTO, Ph.D.

Vědecký pracovník
sara.salcedosarmiento@upol.cz

Carlos Eduardo Aucique PEREZ, Ph.D.

Vědecký pracovník
carloseduardo.auciqueperez@upol.cz

Ing. Jonathan CARDENAS

Odborný pracovník
jonathan.cardenas@upol.cz

Mgr. Markéta ULBRICHOVÁ, Ph.D.

Odborný pracovník
+420 585 634 899, marketa.ulbrichova@upol.cz

Mgr. Andrea HYBENOVÁ

Odborný pracovník
andrea.hybenova@upol.cz